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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 438 90 method/index.html
APSSP   00method/apssp.html
APSSP2   35675method/apssp2.html
JPred   16729method/jpred.html
JUFO   13237method/jufo.html
PHD   36776method/phd.html
PHDpsi   36476method/phdpsi.html
PROF_king   36583method/prof_king.html
PROFsec   36776method/profsec.html
Prospect   28072method/prospect.html
PSIpred   36483method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SABLE   7720method/sable.html
SABLE2   203method/sable2.html
SAM-T99sec   31983method/samt99_sec.html
SCRATCH (SSpro3)   15638method/scratch.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   25748method/sspro2.html
  93method/sspro4.html
  114method/yaspin.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.051.0+/-10.071.0+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.001.00+/-10.000.40+/-10.000.22+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 564dssp1PSIpred77.3+/-1.473.6+/-4.073.9+/-3.835.5+/-6.037.7+/-6.472.3+/-2.375.8+/-2.075.5+/-2.184.4+/-2.473.6+/-4.167.7+/-2.62.7+/-0.70.37+/-0.020.68+/-0.030.70+/-0.040.56+/-0.0385.9+/-4.47.5+/-1.15.4+/-1.0
SAM-T99sec77.1+/-1.374.9+/-4.269.6+/-4.035.4+/-5.644.3+/-6.372.0+/-2.676.0+/-2.274.1+/-1.882.1+/-2.974.7+/-3.767.8+/-2.64.0+/-0.80.38+/-0.020.67+/-0.030.71+/-0.040.58+/-0.0387.5+/-4.28.4+/-1.17.2+/-1.0
common 564dssp2PROFsec75.4+/-1.766.2+/-4.272.9+/-4.342.6+/-6.138.2+/-5.973.5+/-1.974.6+/-2.174.8+/-2.178.5+/-3.177.5+/-3.570.7+/-2.34.8+/-1.00.37+/-0.020.66+/-0.030.70+/-0.040.56+/-0.0282.8+/-4.89.3+/-1.37.7+/-1.1
common 564dssp3PHD72.7+/-1.666.2+/-4.470.4+/-4.338.1+/-5.337.6+/-5.768.3+/-2.675.5+/-2.468.9+/-2.273.8+/-3.675.3+/-3.663.6+/-2.96.0+/-1.30.34+/-0.020.64+/-0.040.67+/-0.040.52+/-0.0384.4+/-4.610.4+/-1.49.8+/-1.5
PHDpsi73.1+/-1.666.7+/-4.570.3+/-4.338.1+/-5.437.9+/-5.968.3+/-2.675.8+/-2.369.2+/-2.273.7+/-3.676.3+/-3.563.8+/-2.95.8+/-1.30.34+/-0.020.64+/-0.040.68+/-0.040.53+/-0.0384.4+/-4.610.3+/-1.59.5+/-1.6

 


Set 6

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 665dssp1PSIpred77.3+/-1.472.4+/-4.272.8+/-3.936.2+/-5.938.3+/-6.372.3+/-2.376.0+/-2.075.7+/-2.184.6+/-2.373.8+/-4.068.1+/-2.62.7+/-0.70.36+/-0.020.69+/-0.030.70+/-0.040.56+/-0.0386.2+/-4.37.4+/-1.15.4+/-1.0
common 665dssp2PROFsec75.4+/-1.665.2+/-4.371.8+/-4.443.3+/-6.038.7+/-5.873.4+/-1.974.8+/-2.174.9+/-2.078.8+/-3.177.6+/-3.570.8+/-2.24.7+/-0.90.37+/-0.020.67+/-0.030.70+/-0.040.57+/-0.0283.1+/-4.79.1+/-1.37.8+/-1.0
common 665dssp3PHD72.9+/-1.565.2+/-4.569.3+/-4.438.7+/-5.238.3+/-5.668.5+/-2.675.6+/-2.369.2+/-2.274.2+/-3.675.5+/-3.564.0+/-2.95.9+/-1.30.34+/-0.020.65+/-0.040.67+/-0.040.53+/-0.0383.1+/-4.710.2+/-1.49.7+/-1.5
PHDpsi73.3+/-1.665.6+/-4.669.2+/-4.438.8+/-5.338.6+/-5.868.6+/-2.675.9+/-2.369.5+/-2.274.1+/-3.676.5+/-3.564.2+/-2.95.7+/-1.30.34+/-0.020.65+/-0.030.68+/-0.040.53+/-0.0383.1+/-4.710.1+/-1.49.4+/-1.5

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