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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 409 84 method/index.html
APSSP   00method/apssp.html
APSSP2   32769method/apssp2.html
JPred   16729method/jpred.html
JUFO   10531method/jufo.html
PHD   33970method/phd.html
PHDpsi   33670method/phdpsi.html
PROF_king   33777method/prof_king.html
PROFsec   33970method/profsec.html
Prospect   25567method/prospect.html
PSIpred   33577method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SABLE   4814method/sable.html
SAM-T99sec   29077method/samt99_sec.html
SCRATCH (SSpro3)   13033method/scratch.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   25748method/sspro2.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.051.0+/-10.071.0+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.001.00+/-10.000.40+/-10.000.22+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 538dssp1SAM-T99sec78.2+/-1.474.1+/-6.067.1+/-5.642.9+/-6.453.0+/-7.271.9+/-3.575.8+/-3.075.7+/-2.085.3+/-3.467.9+/-5.167.0+/-3.52.6+/-1.00.39+/-0.020.71+/-0.040.64+/-0.050.58+/-0.0384.2+/-6.06.8+/-1.47.4+/-1.3
common 538dssp2PHD73.0+/-1.565.1+/-5.869.5+/-5.645.1+/-5.944.8+/-6.668.8+/-3.372.5+/-3.170.0+/-2.578.1+/-4.167.6+/-4.962.4+/-3.64.6+/-1.20.32+/-0.030.66+/-0.050.59+/-0.050.49+/-0.0384.2+/-6.08.8+/-1.39.6+/-1.5
PHDpsi73.6+/-1.565.7+/-5.969.3+/-5.745.2+/-6.045.3+/-6.968.8+/-3.372.9+/-3.170.4+/-2.577.9+/-4.269.3+/-4.862.8+/-3.64.3+/-1.20.32+/-0.030.66+/-0.040.60+/-0.050.50+/-0.0384.2+/-6.08.7+/-1.49.0+/-1.6
PROFsec75.3+/-1.865.4+/-5.768.4+/-6.052.0+/-6.946.0+/-6.870.6+/-2.774.6+/-2.774.2+/-2.681.3+/-3.671.7+/-4.766.8+/-3.13.7+/-1.00.35+/-0.030.67+/-0.040.64+/-0.050.53+/-0.0384.2+/-6.08.4+/-1.48.0+/-1.4
PSIpred75.7+/-1.771.1+/-5.967.3+/-5.840.6+/-7.245.1+/-7.570.8+/-3.075.3+/-2.471.9+/-2.684.4+/-3.264.5+/-5.763.7+/-3.23.2+/-1.10.33+/-0.030.69+/-0.040.64+/-0.050.52+/-0.0384.2+/-6.07.8+/-1.76.9+/-1.4

 


Set 6

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 639dssp1PHD73.2+/-1.563.4+/-6.067.7+/-5.845.9+/-5.845.8+/-6.569.2+/-3.272.8+/-3.170.5+/-2.578.7+/-4.168.1+/-4.863.2+/-3.64.5+/-1.20.32+/-0.030.67+/-0.050.59+/-0.050.49+/-0.0382.1+/-6.28.6+/-1.39.3+/-1.5
PHDpsi73.8+/-1.564.1+/-6.167.6+/-5.946.1+/-5.946.2+/-6.769.3+/-3.273.2+/-3.070.9+/-2.578.5+/-4.169.7+/-4.763.5+/-3.64.2+/-1.20.32+/-0.030.67+/-0.040.60+/-0.050.50+/-0.0382.1+/-6.28.5+/-1.48.8+/-1.5
PROFsec75.4+/-1.863.7+/-5.966.7+/-6.252.9+/-6.746.6+/-6.770.6+/-2.675.0+/-2.774.4+/-2.581.8+/-3.672.1+/-4.667.0+/-3.03.6+/-1.00.34+/-0.030.68+/-0.040.64+/-0.050.53+/-0.0384.6+/-5.98.2+/-1.38.1+/-1.4
PSIpred75.8+/-1.769.3+/-6.165.6+/-6.041.7+/-7.045.9+/-7.370.9+/-2.975.5+/-2.472.4+/-2.684.8+/-3.165.2+/-5.664.4+/-3.23.1+/-1.10.33+/-0.030.70+/-0.040.64+/-0.050.52+/-0.0384.6+/-5.97.6+/-1.76.8+/-1.4

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