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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 405 83 method/index.html
APSSP   00method/apssp.html
APSSP2   32368method/apssp2.html
JPred   16729method/jpred.html
JUFO   10130method/jufo.html
PHD   33569method/phd.html
PHDpsi   33269method/phdpsi.html
PROF_king   33376method/prof_king.html
PROFsec   33569method/profsec.html
Prospect   25166method/prospect.html
PSIpred   33176method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SABLE   4413method/sable.html
SAM-T99sec   28676method/samt99_sec.html
SCRATCH (SSpro3)   12632method/scratch.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   25748method/sspro2.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.051.0+/-10.071.0+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.001.00+/-10.000.40+/-10.000.22+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 534dssp1PHD73.1+/-1.764.3+/-6.566.8+/-6.244.1+/-6.543.8+/-7.467.2+/-3.673.0+/-3.570.2+/-2.777.6+/-4.669.3+/-5.261.8+/-3.94.8+/-1.40.31+/-0.030.65+/-0.050.61+/-0.060.49+/-0.0485.3+/-6.29.0+/-1.59.5+/-1.6
PHDpsi73.8+/-1.765.0+/-6.666.6+/-6.344.2+/-6.644.3+/-7.667.3+/-3.673.5+/-3.470.6+/-2.777.4+/-4.671.1+/-5.262.2+/-3.94.4+/-1.40.32+/-0.030.65+/-0.050.62+/-0.060.49+/-0.0485.3+/-6.28.9+/-1.58.9+/-1.7
PROFsec75.5+/-2.064.7+/-6.465.4+/-6.749.7+/-7.644.9+/-7.669.3+/-2.974.9+/-3.074.4+/-2.881.3+/-4.073.4+/-5.165.9+/-3.43.7+/-1.10.34+/-0.030.67+/-0.040.66+/-0.060.53+/-0.0485.3+/-6.28.5+/-1.57.6+/-1.5
PSIpred76.8+/-1.870.2+/-6.565.7+/-6.542.9+/-7.644.4+/-8.269.6+/-3.376.9+/-2.673.5+/-2.684.5+/-3.569.7+/-5.864.1+/-3.53.2+/-1.20.34+/-0.030.69+/-0.040.69+/-0.050.53+/-0.0385.3+/-6.28.6+/-1.96.1+/-1.4
SAM-T99sec78.8+/-1.572.7+/-6.665.0+/-6.342.8+/-7.051.8+/-8.070.9+/-3.976.8+/-3.276.1+/-2.184.7+/-3.771.4+/-5.366.2+/-3.72.8+/-1.10.39+/-0.030.70+/-0.040.67+/-0.050.59+/-0.0385.3+/-6.27.2+/-1.67.3+/-1.4

 


Set 6

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 635dssp1PHD73.4+/-1.662.4+/-6.764.9+/-6.445.1+/-6.444.9+/-7.267.7+/-3.573.3+/-3.470.7+/-2.778.3+/-4.569.8+/-5.162.6+/-3.94.6+/-1.30.31+/-0.030.66+/-0.050.62+/-0.060.49+/-0.0382.9+/-6.58.8+/-1.59.3+/-1.6
PHDpsi74.1+/-1.663.2+/-6.864.7+/-6.545.2+/-6.545.4+/-7.467.8+/-3.573.8+/-3.471.2+/-2.778.1+/-4.571.6+/-5.163.0+/-3.94.3+/-1.30.32+/-0.030.66+/-0.050.62+/-0.050.50+/-0.0382.9+/-6.58.6+/-1.58.7+/-1.6
PROFsec75.6+/-1.962.8+/-6.663.6+/-6.950.9+/-7.445.6+/-7.469.3+/-2.875.3+/-2.974.6+/-2.881.8+/-3.973.9+/-5.066.1+/-3.33.6+/-1.10.34+/-0.030.68+/-0.040.65+/-0.060.53+/-0.0385.7+/-6.08.2+/-1.57.6+/-1.5
PSIpred76.9+/-1.768.2+/-6.863.8+/-6.744.0+/-7.445.3+/-8.069.8+/-3.277.1+/-2.574.0+/-2.684.9+/-3.470.3+/-5.664.9+/-3.53.1+/-1.20.33+/-0.030.70+/-0.040.69+/-0.050.54+/-0.0385.7+/-6.08.4+/-1.96.0+/-1.4

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