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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 398 80 method/index.html
APSSP   00method/apssp.html
APSSP2   31665method/apssp2.html
JPred   16729method/jpred.html
JUFO   9427method/jufo.html
PHD   32866method/phd.html
PHDpsi   32566method/phdpsi.html
PROF_king   32673method/prof_king.html
PROFsec   32866method/profsec.html
Prospect   24463method/prospect.html
PSIpred   32473method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SABLE   3710method/sable.html
SAM-T99sec   28074method/samt99_sec.html
SCRATCH (SSpro3)   12229method/scratch.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   25748method/sspro2.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.051.0+/-10.071.0+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.001.00+/-10.000.40+/-10.000.22+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 528dssp1SAM-T99sec79.1+/-1.773.5+/-7.366.9+/-6.942.8+/-7.753.7+/-8.771.0+/-4.575.4+/-3.776.6+/-2.485.5+/-3.979.4+/-4.766.2+/-4.42.9+/-1.30.40+/-0.030.72+/-0.050.74+/-0.050.60+/-0.0485.7+/-6.77.8+/-1.96.9+/-1.6
common 528dssp2PHD74.2+/-1.866.8+/-6.868.8+/-6.645.8+/-7.248.1+/-7.967.7+/-4.373.1+/-4.072.1+/-3.080.1+/-4.477.8+/-4.463.2+/-4.64.8+/-1.60.34+/-0.040.67+/-0.050.71+/-0.060.52+/-0.0485.7+/-6.79.6+/-1.69.2+/-1.7
PHDpsi75.1+/-1.867.7+/-6.968.5+/-6.745.9+/-7.348.7+/-8.167.8+/-4.373.8+/-3.972.6+/-3.079.9+/-4.580.1+/-4.163.7+/-4.74.3+/-1.60.35+/-0.030.67+/-0.050.72+/-0.050.52+/-0.0485.7+/-6.79.4+/-1.78.5+/-1.8
PROFsec76.9+/-2.067.0+/-6.967.7+/-7.248.6+/-8.647.1+/-8.470.8+/-3.374.2+/-3.575.6+/-2.982.3+/-4.280.5+/-4.667.4+/-3.73.5+/-1.30.37+/-0.040.69+/-0.050.73+/-0.060.55+/-0.0485.7+/-6.78.8+/-1.76.4+/-1.4
PSIpred76.8+/-2.070.8+/-7.266.9+/-7.143.5+/-8.446.2+/-9.069.3+/-3.776.1+/-2.974.5+/-2.884.7+/-3.977.1+/-5.465.1+/-4.03.5+/-1.50.35+/-0.030.70+/-0.050.74+/-0.060.54+/-0.0485.7+/-6.79.0+/-2.35.7+/-1.6

 


Set 6

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 628dssp1PHD74.2+/-1.866.8+/-6.868.8+/-6.645.8+/-7.248.1+/-7.967.7+/-4.373.1+/-4.072.1+/-3.080.1+/-4.477.8+/-4.463.2+/-4.64.8+/-1.60.34+/-0.040.67+/-0.050.71+/-0.060.52+/-0.0485.7+/-6.79.6+/-1.69.2+/-1.7
PHDpsi75.1+/-1.867.7+/-6.968.5+/-6.745.9+/-7.348.7+/-8.167.8+/-4.373.8+/-3.972.6+/-3.079.9+/-4.580.1+/-4.163.7+/-4.74.3+/-1.60.35+/-0.030.67+/-0.050.72+/-0.050.52+/-0.0485.7+/-6.79.4+/-1.78.5+/-1.8
PROFsec76.9+/-2.067.0+/-6.967.7+/-7.248.6+/-8.647.1+/-8.470.8+/-3.374.2+/-3.575.6+/-2.982.3+/-4.280.5+/-4.667.4+/-3.73.5+/-1.30.37+/-0.040.69+/-0.050.73+/-0.060.55+/-0.0485.7+/-6.78.8+/-1.76.4+/-1.4
PSIpred76.8+/-2.070.8+/-7.266.9+/-7.143.5+/-8.446.2+/-9.069.3+/-3.776.1+/-2.974.5+/-2.884.7+/-3.977.1+/-5.465.1+/-4.03.5+/-1.50.35+/-0.030.70+/-0.050.74+/-0.060.54+/-0.0485.7+/-6.79.0+/-2.35.7+/-1.6

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