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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 6 2 method/index.html
APSSP   62method/apssp.html
APSSP2   62method/apssp2.html
JPred   32method/jpred.html
PHD   11method/phd.html
PHDpsi   11method/phdpsi.html
PROF_king   52method/prof_king.html
PROFsec   11method/profsec.html
Prospect   32method/prospect.html
PSIpred   52method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SAM-T99sec   62method/samt99_sec.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   62method/sspro2.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.083.1+/-10.083.8+/-10.080.5+/-10.078.4+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.000.76+/-10.000.74+/-10.000.66+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.077.9+/-10.080.1+/-10.081.1+/-10.066.9+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.55+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.080.6+/-10.076.3+/-10.070.6+/-10.062.1+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.66+/-10.000.55+/-10.000.39+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.090.0+/-10.082.8+/-10.078.8+/-10.063.9+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.000.76+/-10.000.65+/-10.000.58+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.087.6+/-10.081.8+/-10.077.7+/-10.068.6+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.000.72+/-10.000.68+/-10.000.61+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.083.8+/-10.076.6+/-10.057.7+/-10.068.4+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.000.64+/-10.000.56+/-10.000.54+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.083.1+/-10.083.8+/-10.080.5+/-10.078.4+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.000.76+/-10.000.74+/-10.000.66+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.077.9+/-10.080.1+/-10.081.1+/-10.066.9+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.55+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.090.0+/-10.082.8+/-10.078.8+/-10.063.9+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.000.76+/-10.000.65+/-10.000.58+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.087.6+/-10.081.8+/-10.077.7+/-10.068.6+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.000.72+/-10.000.68+/-10.000.61+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.083.1+/-10.083.8+/-10.080.5+/-10.078.4+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.000.76+/-10.000.74+/-10.000.66+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.077.9+/-10.080.1+/-10.081.1+/-10.066.9+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.55+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.090.0+/-10.082.8+/-10.078.8+/-10.063.9+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.000.76+/-10.000.65+/-10.000.58+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.083.1+/-10.083.8+/-10.080.5+/-10.078.4+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.000.76+/-10.000.74+/-10.000.66+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.090.0+/-10.082.8+/-10.078.8+/-10.063.9+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.000.76+/-10.000.65+/-10.000.58+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 51dssp1JPred84.5+/-10.083.1+/-10.083.8+/-10.080.5+/-10.078.4+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.000.76+/-10.000.74+/-10.000.66+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.090.0+/-10.082.8+/-10.078.8+/-10.063.9+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.000.76+/-10.000.65+/-10.000.58+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 6

Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 61dssp1PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.1+/-10.074.5+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.5+/-10.071.6+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.7+/-10.068.7+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.080.1+/-10.082.1+/-10.077.7+/-10.059.3+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.000.68+/-10.000.60+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0

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