Programa de Doctorado
Departamento Biología Molecular -
Universidad Autónoma de Madrid
Redes Biológicas y Biología de Sistemas
Práctica Cytoscape (II)
Comparación de parámetros topológicos de red interacción proteínas y red aleatoria
Bajar esta red de interacciones de Yeast. Convertirla a un formato compatible
con cytoscape (ej. "prot1 prot2") usanto macros o "reemplazar" en Word.
Instalar el plugin "network analyzer" para cytoscape, poniendo todos los archivos que hay dentro del
.zip en el directorio de plugins de Cytoscape.
Cargar la red de interacciones en Cytoscape (import -> excel/text). Buscar un layout en el que la red se vea bien.
Usar el plugin "network analyzer" para calcular y representar sus parámetros topológicos.
Generar una red aleatoria con el mismo número de nodos y enlaces con Excel:
- Generar 2 numeros aleatorios entre 1 y el numero de nodos de la red (N) en las celdas A1 y B1:
entero(aleatorio()*N)+1
Esto equivale a crear un enlace aleatorio entre 2 nodos.
- Copiar estas formulas en las siguiente L-1 filas (L: numero enlaces de la red) para simular el resto de
enlaces aleatorios.
- Guardar este fichero como texto.
Cargar esta red aleatoria en Cytoscape y calcular sus parámetros topológicos.
Comparar los parámetros topológicos de la red real y la aleatoria. (Se pueden ir exportando los graficos y/o tablas de
datos para ir poniendolos juntos en un documento Word o similar) ¿Cuales son las principales diferencias?
Florencio Pazos Cabaleiro
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