Curso de Bioinformatica - P.U.C. Chile
Prediccion de Residuos Funcionales a Partir de Informacion de Secuencia
Ejercicios Practicos
Material de Teoria
Herramientas, servidores y bases de datos
- Servidor BLAST @ EBI - Busqueda de secuencias homologas
- Servidor ClustalW @ EBI - Alineamiento multiple
- Jalview - Editor/visualizador de alineamientos multiples
- Pfam - Base de datos de dominios/motivos con sus alineamientos multiples asociados
- Servidor ConSeq - Localizacion de posiciones conservadas y predichas como accesibles al solvente
- Servidor TreeDet @ CNIO - Localizacion de positiones con patrones de conservacion familia-dependiente (SDPs) por varios metodos
- Mas servidores y programas para la localizacion de SDPs
Casos para hacer
Localiza posibles residuos funcionalmente importantes en estas secuencias:
>seq1
FWYPVAFSSDLKDDTMVPIDCFEEQWVIFRGKDGRPGCVMNTCAHRACPL
HLGSVNEGRIQCPYHGWEYSTDGKCEKMPSTKMLNVRIRSLPCFEQEG
>seq2
LAPLAKVIHERFGIVEGLMTTVHSYTATQKTVDGPSRKAWRDGRGAHQNI
IPASTGAAKAVTKVIPELKGKLTGMAFRVPTPDVSVVDLTCRLAQPAPYS
AIKEAVKAAAKGPMAGILAYTEDEVVSTDFLGDTHSSIFDAKAGIALNDN
FVKLISWY
[Resultados precalculados]
Florencio Pazos Cabaleiro
pazos@cnb.csic.es
http://pdg.cnb.csic.es/
Tlf. +34.91.5854669
Fax. +34.91.5854506