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UML

Les schémas UML (Unified Modeling Language) sont des représentations définissant la liste des classes utilisées dans un projet, ainsi que les relations qu'elles engendrent entre-elle. De cette manière, on peut estimer le nombre de classes nécessaires et les messages qu'elles doivent s'envoyer pour réaliser la tâche qui leur est assignée.

Use Cases

Les Use Cases formalisent l'étape de spécification du projet. Ils sont utilisés pour la modélisation de l'intéraction des acteurs (utilisateurs et autres systèmes) avec le système. Ce sont les modalités d'intéraction de l'acteur avec le système.
Un Use Case est une séquence de transactions exécutées par le système, conduisant à un résultat tangible pour l'utilisateur.
Notre modelisation comporte deux acteurs: utilisateur (qui va utiliser l'applet) et la base de données SWISS-PROT (ou on va prendre les informations sur les peptides).

 

 

Classes (voir ici les pages generées pas Javadoc)

• BioGraph : Applet, classe principale, implemente deux graphes (IMassGraph pour le graphe principal et IMassZoom pour le graphe de zoom), toutes les methodes necessaires à la création de l'applet et à la gestion de la souris, du mouvement des elements et de la mise-a-jour des graphiques.
  [ BioGraph.java ]

• BaseGraph : classe qui définit comment on construit les graphes (dessin des axes, adaptation d'echélle, dessin des piques, calcul de points).
  [ BaseGraph.java ]

• BaseMassGraph : classe qui permet de dessiner les graphes de peptides.
  [ BaseMassGraph.java ]

• IMassZoom : dessin du graphe de zoom.
  [ IMassZoom.java ]

• IMassGraph : dessin du graphe principal. Classe qui permet de dessiner deux (ou plus) vecteurs de peptides.
  [ IMassGraph.java ]

• DragCanvas : classe qui permet de faire bouger le graphique avec la souris.
  [ DragCanvas.java ]

• PeptVect : définit un vecteur de peptides (proteine), avec comme methodes : rajouter/enlever une peptide, nombre de peptides, donner la plus grande/petite masse, intensité min/max/moy.
  [ PeptVect.java ]

• DragText : idem que DragCanvas, mais pour les texte.
  [ DragText.java ]

• PeptElt : definit un peptide (masse, intensité, min/max masse, MC, nom).
  [ PeptElt.java ]
  
  

Wrapper C++

• BioClass (derivé de ext_param) : moteur principal du wrapper.
  [ bioclass.cpp ] [bioclass.h ]
  
  
• HConsumer :  parseur html pour les résultats de PeptIdent.
  [ hconsumer.cpp ] [hconsumer.h ]
  
  
• [ biograph.cpp ] : liason avec la librairie MV4.
  
  
• [ biograph-wrapper.zip ] : toutes les sources de BioGraph y compris les sources completes de la librairie MV4.

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