NCBI: Entrez Home

Práctica: NCBI y Entrez

Acceso a secuencias de nucleótidos y proteínas, y a información relacionada.

Abrir Netscape o similar y conectarse al servidor del NCBI, en la dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Conectarse a Entrez, el interfaz gráfico del NCBI.
Entrar en la base de datos Nucleotide y buscar con la expresión Bacillus subtilis bofC.
Aparece una lista con las entradas que encajan con la búsqueda.
Seleccionar la entrada que tiene menos genes (X93081).

Aparece la entrada en formato GenBank (por defecto), de donde podemos obtener información sobre la longitud de la secuencia, los códigos de acceso, las propiedades de las secuencia (CDSs, secuencias de aminoácidos de los productos) y la secuencia misma.

Seleccionar Send to text, para generar una versión de la entrada en formato de texto plano (formato de secuencia tipo GenBank, además), que es la que podría ser útil guardar.

Seleccionar Display FASTA, para obtener la secuencia en formato FASTA, que también se podría salvar.
Seleccionar Display Graphics, para obtener el mapa y la secuencia correspondientes a la entrada X93081, que muestran las zonas codificantes (CDDs) y su traducción a aminoácidos.

Seleccionando Protein coding genes se obtiene la Protein Translation Table, con las coordenadas de las CDSs y de donde se puede acceder a información sobre secuencias de proteínas de sequencia similar, recogidas en la base de datos COGs.

Buscar la parte de la sección de Features que describe la segunda CDS. Además de disponer de la secuencia de aminoácidos en ese mismo fichero, podemos saltar a la base de datos de proteínas.

Accedemos así a otro fichero en formato GenBank, aunque esta vez contiene una secuencia de proteína.
Seleccionado el enlace Blink se accede a la misma información obtenida anteriormente sobre secuencias similares, según la base de datos de COGs.
Seleccionando el enlace Domains, se accede a información sobre dominios conservados. En este caso, la proteína incluye un dominio conservado definido en la base de datos Pfam, que es característico de transportadores de azucar.

Pulsando con el cursor sobre la representación gráfica del dominio, se accede a los alineamientos múltiples de la familia.
Seleccionando el botón Show Domain Relatives, se obtiene una vista gráfica de las familias de proteínas que tienen un arquitectura de dominos parecida.

Abrir Netscape o similar y conectarse al servidor del NCBI, en la dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Conectarse a Entrez, el interfaz gráfico del NCBI.
Entrar en la base de datos Taxonomy y seleccionar Tax Browser, o la palabra tree en el texto explicativo.

Seleccionar Protein y Structure, y pulsar Display.
Obtenemos información sobre las proteínas y estructuras publicadas en las bases de datos del NCBI, para cada uno de los virus. Tanto las entradas con secuencia de proteína como las de estructura pueden ser accedidas desde aquí también..

Entramos en un documento con información taxonómica sobre Arabidopsis, con acceso a información genómica (cromosomas), una tabla que resume los enlaces a entradas en otras bases de datos del NCBI, relacionadas con Arabidopsis, y enlaces a otras fuentes de información.

Pulsando en cada uno de los cromosomas se accede a páginas con mapas cromosómicos y enlaces a los ficheros correspondientes a todos los genes y proteínas de Arabidopsis.

Abrir Netscape o similar y conectarse al servidor del NCBI, en la dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Conectarse a Entrez, el interfaz gráfico del NCBI.
Entrar en la base de datos OMIM.

Aparecen 140 entradas (en páginas de 20), correspondientes a enfermedades genéticas en cuya descripción se uncluye el término alopecia.

Seleccionar Search Morbid Map. Aparece un catálogo de enfermedades genéticas.

En la columna Location aparece información sobre la localización cromosómica de mutaciones asociadas a la enfermedad.
Desde la columna Disorder, seleccionando el identificador numérico, se accede a un fichero con información sobre la enfermedad y con referencias bibliográficas.
Desde la columna OMIM, pulsando en el indicador numérico, se accede a un documento con informacion sobre el locus o gen identificado por la mutación, y con enlaces a otras fuentes de información.

Pulsando LocusLink, se accede a la presentación de la entrada correspondiente a este gen en LocusLink.

Pulsando sobre el indicador numérico del Locus, se accede a su record en LocusLink, que contiene un resumen de información sobre múltiples aspectos del gen: localización, función, asignación en el Gene Ontology, entradas en las bases de datos de secuencias y de proteínas, genes homólogos, etc., así como enlaces a las entradas en otras bases de datos:
PubMed
OMIM
MAP, mapa cromosómico, desde donde, por ejemplo, se puede conseguir la secuencia nucleotídica.
RefSeq
GenBank
Protein, entradas de la nbase de datos de proteínas
Homologene, genes homologos en otros organismos.
UniGene, genes similares en secuencia.
Variation Data, SNPs.
GDB
ENSEMBL