Datos de la encuesta:

Número de asistentes al curso: 27
Número de encuestas recibidas: 25
Nivel de participación: 92.6 %

 

Experiencia previa en Bioinformática (Ninguna, Poca, Mediana, Mucha)	Ninguna: 32 % Poca: 56 % Mediana: 12 % Mucha: 0 %
¿Proporciona tu centro facilidades y/o cursos a los usuarios de informática (email, web, etc...)?	Si: 96 %; No: 4 %
¿Proporciona tu centro facilidades y/o cursos a los usuarios de bioinformática (GCG, web, etc...)?	Si: 85 %; No: 16 %

Para cada tema se solicita opinión acerca de su:

 

Interés	Ninguno: 0	Poco: 1	Mediano: 2	Mucho: 3
Presentación	Mediocre: 0	Aceptable: 1	Notable: 2	Excelente: 3
Tiempo dedicado	Insuficiente: 0	El necesario: 1	Excesivo: 2
Utilidad Personal	Poca: 0	Media: 1	Mucha: 2

Tabla de resultados (Media)
 

Valoraciones de...	COD.	Interés	Presentación	Tiempo dedicado	Utilidad personal
Bases de datos y SRS.	1	2.48	1.54	0.88	1.46
Algoritmos de alineamiento de secuencias.	2	2.52	1.79	0.63	1.13
Motivos, perfiles y dominios.	3	2.12	1.46	0.79	0.96
Búsqueda de secuencias.Motivos, perfiles y dominios.	4	2.36	1.5	0.63	1.25
Servidores y herramientas para análisis de genomas.	5	2.44	1.58	0.67	1.13
Búsqueda de genes y secuencias reguladoras.	6	2.64	1.75	0.63	0.96
Making and using DNA microarrays.	7	2.76	1.79	0.54	0.96
Análisis de DNA-arrays.Bioinformática y cancer.	8	2.52	1.63	0.83	0.83
Clustering para datos de DNA-arrays.	9	2.2	1.38	0.83	0.71
Análisis filogenético y búsqueda de secuencias.	10	1.92	1.38	0.75	0.79
Bioinformática integrativa.	11	2.04	1.71	0.92	0.92
Herramientas computacionales en el desarrollo de fármacos.	12	2.12	1.67	0.92	0.96
Genoma y cáncer: Del genotipo al fenotipo.	13	2.44	1.63	1.17	0.88
Estructura tridimensional de proteínas. Alineamientos en una y tres dimensiones. Diseño de fármacos basado en la estructura del receptor. Relaciones estructura-actividad.	14	2.36	2.04	0.83	1.13
Predicción en una dimensión.	15	2.36	1.88	0.83	1.04
Predicción de estructura: Threading.	16	2.24	2	0.88	0.83
Predicción de estructura, características 1D.	17	2.36	1.71	0.83	1.04
Threading (práctica).	18	2.16	1.42	0.67	0.96
Diseño por homología.	19	2.52	1.88	0.92	1.04
Diseño por homología (práctica).	20	2.36	1.5	0.75	0.92

Gráficos:
 
 




 
 


 
 


 
 

TEMAS QUE DEBERÍAN HABERSE INCLUÍDO/EXCLUÍDO:

• EXPERIMENTALES:
 
Incluído:
• Estructura de cuasiespecies de virus. Aplicaciones de la Bioinformática a este campo que es mucha. Distancias entre secuencias.
• Temas más básicos e introductorios para la gente que no tenemos ninguna experiencia.
• Relacion bionformática estructura y función de proteinas.
• Más temas referidos a estructuras de proteinas y su predicción. Así también la interacción de varias proteinas o con sus ligandos.
• Ahondar más en algún campo para tener una idea amplia sobre todos los datos a los que realmente es posible acceder.
• Personalmente ya que trabajo con secuencias reguladoras me hubiera gustado que se hablara más de éstas así como de su búsqueda ya que ahora se ha visto su papel relevante en el genoma humano. Para mí se ha dado una clara visión de los campos más importantes de la bioinformática y de cómo usarlos.
• Lo ideal sería  prácticas en general de todos los temas pero debido a la falta de tiempo yo haría más énfasis en técnicas básicas de búsquedas de secuencias en distintas bases de datos por homología... alineamientos, mapas de restricción, búsqueda de dominios... En la parte de estructura de proteínas más prácticas.
• Quizas hacer un énfasis en lo que respecta a el avance que ha significado la bioinformática al desarrollo actual de la biología molecular experimental. Establecer más parámetros de comparación en relación a la rapidez en los análisis de resultados experimentales o en la predicción de estructuras biológicas. Establecer una discusión abierta acerca de la brecha que une a los experimentalistas y al nuevo resurgimiento de una visión teórica de la biología. Qué vale más: generar cada día más y más experimentos o generar un buen modelo (hipótesis y no demostración tipo artefacto) que pueda ser llevado al campo experimental para su comprobación.
• Coger ejemplos concretos de temas.


Excluído:

• Análisis de DNA-arrays. Bioinformática y cáncer.
• La conexión a la red.

 

 

• TEÓRICOS:


Incluído:

• Explicación somera del funcionamiento de algoritmos.
• Diseño de vacunas al igual que se ha incluido el diseño de fármacos.
• Base teorica de algunos algoritmos (fundamento matematico sin demasiada extension).
• Perspectiva general de todos los campos en los que se puede utilizar la informática en el terreno de la biología.
• No tengo mucha experiencia en bioinformática por lo que no sabría decir qué temas teóricos faltarían.
• Establecer relaciones entre bioinformatica, estructura, función de proteínas, etc...
• Creo que está bien.
• Al igual que en experimental me parece interesante tratar más el tema de genoma humano y sus secuencias reguladoras.
• Más profundidad en generación de programas. Me hubiera gustado más sobre aproximaciones al diseño de fármacos, parámetros y matemática de los programas de threading. Haber visto algo sobre algoritmos genéticos también habría sido interesante. Le habría dedicado más tiempo al clustering o hubiera dado menos cosas con más detalles. Creo que es algo muy nuevo para mucha gente, y que cuesta entender. Creo que a lo mejor sería interesante dedicar algo de tiempo a cosas como el algoritmo de Montecarlo y otras aproximaciones para el cálculo de energías en las proteínas. Lo considero muy complicado pero sumamente interesante. Más sobre diseño de fármacos. Algún programilla para visualizar las moléculas químicas, y cómo no para hacer su docking con las biomoléculas.
• Creo que dan por sabidos ciertos conceptos y terminología. Me gustaría una teoría más fácil de entender y accesible a un nivel bajo para tener al menos unas bases claras.
• Bases teóricas del desarrollo de algoritmos para el análisis bioinformático.

Excluído:
• Menos relacionados con algoritmos.

 
• PRÁCTICOS:


Incluído:

• Comparación de secuencias. Árboles filogenéticos. Cálculo de bootstrap.
• A titulo personal me interesa bastante el uso de programas de dinamica molecular.
• Alguna práctica más sobre análisis de genomas.
• Me gustaria que en vez de hacerse un "examencillo" acerca de un articulo podriamos haber hecho algo con una secuencia problema como por ejemplo predecir la estructura usando los programas adecuados. Creo que nos habria ayudado un poco mas que el articulo...
• Hubiese dedicado más tiempo a las prácticas de predicción de estructuras.
• Creo que es un error organizar las prácticas con tanta dependencia de la red. Yo hubiese incluido en todas las prácticas una parte "preparada" (demo), y, una vez hecho esto, ya sí habría dejado un tiempo para trabajar en forma real (no demo).
• Práctica sobre la interacción de proteínas ligando y proteínas entre sí. Simulación de las posibles interacciones.
• Más tiempo de dedicación, sobre todo en la primera semana, aunque evidentemente es difícil.
• Hincapié en la evaluación de los programas usados (qué nos podemos creer y qué no), más información sobre los parámetros que se pueden ir variando en cada programa para mejorar o ajustar los resultados.
• Me hubiera gustado que los ordenadores funcionaran más rapido para agilizar las prácticas y sacar el máximo rendimiento del curso.
• Threading. Sé que está incluído. Creo que sería bueno el ir siguiendo detalladamente un output de este tipo de programas. Lo mismo para los outputs derivados de programas de predicción de estructura secundaria, aunque estos son más fáciles de entender. Tal vez hubiera estado bien algo con clustalX, y cosas pequeñas que a los que no sabemos nos complican la vida, como pasar una secuencia proteica del gcg a formato aceptable por blast...
• Me resulta bastante difícil interpretar los resultados una vez obtenidos, tanto en secuencias como en estructuras. Entre tanta maraña de información no sé lo que es realmente importante, en qué me debo fijar.
• Manejo de programas para la construcción de árboles filogenéticos.
• Creo que los temas relativos a experiencias estaban bien cubiertos y bien desarrollados. Sólo problemas ajenos a los expositores quizás hicieron ver un tanto desprotegida esta fase del curso.

 
Excluído:
• Algunas horas de threading y SRS.
• Aquellas que consisten en entrar en un una base de datos para ver cómo es esa base de datos.

 
• COMPUTACIONALES:

Incluído:

• Cómo se procesan los datos y cuáles son los límites técnicos.
• Algún conocimiento de algoritmos a nivel de usuario.
• Alguna clase más sobre desarrollo de algoritmos.
• No hubiese incluido ninguno mas o como mucho algo más básico porque no tengo mucha idea de informática.
• Un comentario de los programas que se emplean.
• Más parte matemática o más profunda. Aunque entiendo que el tiempo es poco...
• Redes neuronales y su aplicación, quizas una perspectiva historica acerca del desarrollo de esta herramienta en ordenadores.


Excluído:

• Ninguno.

LO MEJOR DEL CURSO:

• Las clases prácticas. Creo que debido a la intensidad de las clases, las prácticas te ayudan a ordenar toda la información que has recibido y ver que lo que te han explicado realmente es posible aplicarlo.
• Nos da una visión general de lo que es la bioinformática, las herramientas que se pueden usar a la hora de resolver problemas prácticos. También me ha parecido una gran ayuda futura el CD-rom que nos habeis entregado, ya que es una forma de integrar toda la documentación del curso para futuras consultas.
• La vision general de muchas de las herramientas que nos pueden ser de utilidad. La charla de Roderic Guigo, asi como la de Javier Benitez.
• Conocer las múltiples herramientas informáticas aplicadas al campo al que de momento me dedico, la Biología Molecular, que hacen posible en algunos casos no realizar experimentos de laboratorio que llevan mucho tiempo y dinero. Las clases teóricas en general han sido muy buenas y de elevado interés.
• Creo que se han sabido combinar los aspectos teoricos y practicos de la mayoria de la tecnicas y programas. La prediccion de estructura secundaria y terciaria (diseño por homología y threading) ha sido más útil y se ha impartido mejor que las clases de la primera semana.
• La parte práctica.
• Explicación clara de las utilidades.
• La posibilidad de realizar las practicas, después de la  explicación de cada tema. Valorando y siendo consciente del trabajo previo que lleva  el tener preparado todas esas practicas.
• Las clases prácticas que, aunque debido a la falta de tiempo se hacían demasiado deprisa y los problemas de la red no dejasen hacer algunas cosas, en general te ayudan a comprender las cosas y tener una idea general que sólo con la teoría no creo que se hubiese conseguido. También me ha gustado la buena disposición de todos los profesores.
• Las clases de prediccion de estructuras, la de algoritmos y alineamiento de secuencias y la charla de Roderic Guigo.
• La segunda semana, porque no conocia nada de predicción de estructura de proteínas. También me parece muy buena idea tener el curso en CD, aunque un fallo es que no funciona en Mac y tengo mac en el laboratorio y en casa.
• Los oradores y el interes que muestran por la opinión que nos merece el curso.
• Las charlas de Joaquín Dopazo.
• La atención que han prestado a todos los alumnos como el interes demostrado por que todo quedase claro y fuese de utilidad.  La visión general de las herramientas bioinformáticas para su aplicación. También el haberme abierto unas perspectivas para el trabajo com mis proteinas.
• La organización e interés de la misma por todos los temas del curso, al igual que todos los invitados que han participado. Me ha parecido de gran interés y aunque muy intenso, en todo momento genera motivación. Sin palabras para todo el material entregado.
• La organización e interés en la preparación del curso, el material proporcionado (CD y páginas web), la participación de expertos en cada tema (invitados incluso de otros centros).
• El cd-rom. Me parece que ha venido gente muy preparada en todas las clases. La charla de bioinformática integrativa, me pareció muy práctica y aplicable. La charla de JF García Bustos sobre el importante uso de de bioinformatica en industria me parece muy interesante, porque se nos debería integrar más en industria y esta charla me parece una buena toma de contacto. Tambien me pareció muy interesante la clase de genoma y cáncer.
• Las charlas de Oswaldo Trelles, Guigó, Harshman, Federico Gago, y las de threading y diseño por homología. El interés que habeis tenido en que funcionara todo bien, sobre todo con el problema de los ordenadores. El CD.
• Me ha parecido muy interesante: me ha ayudado a hacerme una  idea general de muchas de las herramientas disponibles y de  las cosas que se pueden hacer.
• Proporciona las herramientas para resolver problemas, es decir, aprendes donde encontrar lo que necesitas. Pienso que no es necesario profundizar mas en casi ningun tema (quiza si en filogenia) porque se debe tratar de dar una visión global acerca de aplicaciones e integración de la información.
• El despliegue demostrado en querer y hacer las cosas como corresponden: Bien. Micro Arrays, Bioinformática integrativa, Sistemas SRS.  Creo que el curso es bueno y merece su reconocimiento, da la idea  de que aquí hay personas que hacen las cosas bien en ciencia, y lo mejor de todo es que saben tener y generar buenas ideas.
• Creo que da una buena visión general de las posibilidades que nos ofrece la bioinformática en cuanto a programas disponibles de aplicación en biología molecular.
• La charla de herramientas computacionales en el desarrollo de farmacos.

LO PEOR DEL CURSO:

• Que no funcionara la red cada dos por tres. Los ejercicios practicos en muchos casos se han dado muy deprisa con ejemplos ya cargados previamente, con lo cual,  nos hemos preocupado de "ir apretando" el boton a la vez que el profesor para no perdernos, pero al final en muchos casos no me he enterado bien de lo que se iba haciendo
• Hay clases teóricas que aunque se siguen por el ordenador son un pelín pesadas.
• La cantidad de clases teóricas seguidas, y algunas veces la duración de las mismas, las hacian un poco espesas, y dificiles de prestarles toda la atención requerida.
• La excesiva teoría condensada en muchos días. Para las cosas nuevas muy poco tiempo prestado.
• La conexión a la red, que ha dificultado el desarrollo de ciertas prácticas.
• La lentitud la de red que ha hecho que se aprovecharan poco las clases prácticas.
• Los ordenadores son muy lentos y te aburres a la hora de llevar a cabo una práctica, se hacen  pesadas. (Pero esto no es culpa de los organizadores del curso).
• Que no funcionara el ordenador (sé que no es vuestra culpa). Que haya menos parte de proteómica que de genómica. El que al principio cuando había muchas horas teóricas se dieran en la sala de bioinformática y no en la de seminarios. Que los de atrás ven bastante poco. Cuando he puesto insuficiente en tiempo es una mezcla de mi mayor o menor interés, o por culpa de los ordenadores, que no tiran...
• Que me he enterado de poquito y que por mí misma me resultaría muy difícil obtener algo en claro. No he sido capaz ni siquiera de encontrar la secuencia de la proteína con la que trabajo porque el programa no reconocía el nombre (Y estaba bien escrito).
• Ha sido una pena que a la hora de realizar las prácticas, en muchas ocasiones, los servidores no estaban disponibles o funcionaban muy lentamente.
• Es demasiado especializado en algunos aspectos, aunque creo que nos será de gran utilidad si realmente entramos en este campo.
• La falta de tiempo para entender de dónde salen las cosas que aplicamos, y necesitamos  más prácticas  para la aplicación de estos métodos de análisis. Otro inconveniente ha sido ajeno a los organizadores como el deficiente  funcionamiento del servidor, pero eso  es incontrolable.
• Organización: es particularmente incómodo atender a una presentación teórica en una sala llena de ordenadores, con el brillo de la pantalla en los ojos y alejado por necesidad del interlocutor. En mi opinión debería dedicarse la primera semana a la parte teórica. Esto haría que los temas pudieran concatenarse mejor sin interrupciones prácticas, con la consiguiente optimización del tiempo, y además podría llevarse a cabo en una sala de seminarios, con una acústica razonable, en sillas cómodas, con sitio para escribir y donde hacer una pregunta no implique gritar. Una segunda semana práctica podría acercarse más a la realidad de la investigación. En general, mi experiencia en bioinformática y la de los que me rodean, es que el investigador en cuestión acaba de encontrar la secuencia de su gen de interés o de su proteína, y quiere obtener toda la información disponible. La práctica podría orientarse de este modo. Partiendo de una secuencia concreta de DNA, obtener toda la información posible a través de internet, relacionando unas informaciones con otras y no cogiendo pedacitos inconexos cada día. Bien estructurado podríamos obtener toda la información que hemos obtenido durante estas dos semanas, pero de una forma integrativa de modo que uno no se encuentre perdido en ningún momento, ni se produzcan interrupciones por la teoría.
• Muchas horas seguidas de charlas y practicas. En ocasiones mucha teoría seguida de poca practica.
• Algunas prácticas me han parecido excesivas. Son demasiadas horas delante de un ordenador, aunque también influye en esta opinión la mala suerte con los servidores. También tengo una queja a nivel personal, ya que me hubiera gustado algo más de tiempo para la filogenia puesto que me dedico al análisis de secuencias HIV y su estructura en quasiespecie.
• Haber pasado demasiado rapido por algunos programas que era la primera vez que se veian, lo que daba una sensacion de inconexion entre los temas (especialmente la primera semana).
• Cuando la parte teórica es muy extensa.
• Las prácticas en muchas ocasiones no se pueden realizar por problemas con la red.
• Para mi, la excesiva teoría, es decir estaba más interesado, por decirlo de alguna manera, en aprender a manejar un programa, que en saber las bases matematicas del  funcionamiento del mismo. Y, no por falta de interes en estos temas, sino simplemente  por una cuestión practica, ya que es imprescindible manejar estos programas en nuestro día a día, y ya que en la Universidad no nos lo explican, qué mejor que en un curso de doctorado que aprender a hacerlo, y después, cuando ya sepa usar el programa, entonces, preguntarme porque funciona así.
• Tal vez la condensación de las clases. Cuando llevas ya 3 horas de clase te cuesta atender y comprender. Podría ser mejor dar más días pero menos horas.

VALORACIÓN GENERAL:
 

• ¿DEBERÍA REALIZARSE UN CURSO SIMILAR EL PRÓXIMO AÑO? ==>  SI: 100 %;  NO: 0 %

• VALORACIÓN FINAL DEL CURSO (de 0 a 10): 7.88 ± 1.24

 

Protein Design Group

Bioinformatics unit